醫(yī)院各部門的功能、設(shè)施和人員組成情況不同，產(chǎn)生污水的主要部門和設(shè)施有：診療室、化驗(yàn)室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術(shù)室等排水。醫(yī)院行政管理和醫(yī)務(wù)人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產(chǎn)生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質(zhì)醫(yī)院產(chǎn)生的污水也有很大不同。醫(yī)院污水較一般生活污水排放情況復(fù)雜。

中國水資源人均占有量少，空間分布不平衡。隨著中國城市化、工業(yè)化的加速，水資源的需求缺口也日益增大。在這樣的背景下，污水處理行業(yè)成為新興產(chǎn)業(yè)，與自來水生產(chǎn)、供水、排水、中水回用行業(yè)處于同等重要地位。 雖然由于國家和各級對環(huán)境保護(hù)重視程度的不斷提高，中國污水處理行業(yè)正在快速增長，污水處理總量逐年增加，城鎮(zhèn)污水處理率不斷提高。但中國污水處理行業(yè)仍處于發(fā)展的初級階段。 一方面，中國的污水處理能力尚跟不上用水規(guī)模的迅速擴(kuò)張，管網(wǎng)、污泥處理等配套設(shè)施建設(shè)嚴(yán)重滯后。另一方面，中國的污水處理率與發(fā)達(dá)國家相比，還存在著明顯的差距，且處理設(shè)施的負(fù)荷率低。

對于綜合醫(yī)院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預(yù)處理→強(qiáng)化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。 醫(yī)用污水處理的強(qiáng)化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復(fù)雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導(dǎo)致二次污染。所以醫(yī)用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進(jìn)入預(yù)消毒池進(jìn)行消毒處理后進(jìn)入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應(yīng)先立消毒后，通過下水道進(jìn)入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構(gòu)筑物須在密閉的環(huán)境中運(yùn)行，通過統(tǒng)一的通風(fēng)系統(tǒng)進(jìn)行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng) 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機(jī)污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應(yīng)器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續(xù)消毒。 適用于傳染病醫(yī)院(包括帶傳染病房的綜合醫(yī)院)和排入自然水體的綜合醫(yī)院處理。
簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進(jìn)一步去除和降解有機(jī)污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機(jī)污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當(dāng)1m3污泥制取沼氣達(dá)15m3以上時，收集利用；當(dāng)1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進(jìn)行固體有機(jī)物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠(yuǎn)山區(qū)、經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)地區(qū)醫(yī)用處理的過渡措施，逐步實(shí)現(xiàn)二級處理或加強(qiáng)處理效果的處理。
根據(jù)國家環(huán)?？偩值挠嘘P(guān)規(guī)定（國家環(huán)?？偩?醫(yī)院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號 ），將各類醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類，與衛(wèi)生系統(tǒng)對醫(yī)院及醫(yī)療機(jī)構(gòu)的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指傳染性疾病專科醫(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類非傳染性疾病的專科醫(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、民族醫(yī)院和?？漆t(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結(jié)核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類醫(yī)院污水的處理，同時也包括療養(yǎng)院、康復(fù)醫(yī)院等其它醫(yī)療機(jī)構(gòu)和獸醫(yī)院的污水處理工程。