醫(yī)用污水處理的原則是：分質(zhì)分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國常用的消毒劑為液氯，近年來，為了提高消毒效率及不產(chǎn)生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)。處理過程中產(chǎn)生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進行處理。

簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當(dāng)1m3污泥制取沼氣達(dá)15m3以上時，收集利用；當(dāng)1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠(yuǎn)山區(qū)、經(jīng)濟欠發(fā)達(dá)地區(qū)醫(yī)用處理的過渡措施，逐步實現(xiàn)二級處理或加強處理效果的處理。

根據(jù)國家環(huán)保總局的有關(guān)規(guī)定（國家環(huán)?？偩?醫(yī)院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號 ），將各類醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類，與衛(wèi)生系統(tǒng)對醫(yī)院及醫(yī)療機構(gòu)的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指傳染性疾病專科醫(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類非傳染性疾病的?？漆t(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、民族醫(yī)院和?？漆t(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結(jié)核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類醫(yī)院污水的處理，同時也包括療養(yǎng)院、康復(fù)醫(yī)院等其它醫(yī)療機構(gòu)和獸醫(yī)院的污水處理工程。