通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


有胚植物現(xiàn)知古老的生痕化石源自于奧陶紀(jì)，雖然此類的化石是零碎不全的。到了志留紀(jì)才有完整個(gè)化石被保留下來，包括石松門的“刺石松”。泥盆紀(jì)之后，萊尼蕨門的詳細(xì)化石在此時(shí)期被發(fā)現(xiàn)，此化石顯示出了其植物組織的單一個(gè)細(xì)胞。泥盆紀(jì)時(shí)亦出現(xiàn)了被認(rèn)為是古老樹木的植物“古羊齒屬”，此類植物在其樹干上有蕨葉，但此蕨葉不會產(chǎn)生孢子。


在有文字記載的人類歷史的早期，某些希臘學(xué)者曾被在沙漠中及山區(qū)有魚及海生貝殼的存在感到迷惑。公元前450 年希羅多德（Herodotus）注意到埃及沙漠，并正確地認(rèn)為地中海曾淹沒過那一地區(qū)。