他沒想到的是，四年級(jí)劃分時(shí)，清華營建系已改為純工科的建筑系，沒有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個(gè)研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動(dòng)中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場勞動(dòng)。
說起這次下放，他只淡淡地說工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺得自己很厲害的是給母豬接生，十個(gè)八個(gè)呼嚕一下子就生出來了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

王其明告訴《中國新聞周刊》，組里有兩個(gè)能人，一個(gè)尚廓，一個(gè)傅熹年，兩個(gè)人手下都很有功夫。
建筑科學(xué)院的圖書館搜購了很多建筑方面的書籍，有的是外文原版的。傅熹年提醒王其明，其中有兩前歐洲建筑師到鄉(xiāng)村采風(fēng)所畫的建筑速寫圖冊(cè)，還有一本日本的《百棟集》，一百棟住宅每棟都配了一張平面圖、一張剖面圖和一張透視圖，可以參考。王其明深受啟發(fā)，覺得浙江民居調(diào)查也可以這樣做。
傅熹年作品：浙江杭州上天竺民居寫生稿。
王其明說，光畫平面圖、剖面圖不足以顯示建筑物的優(yōu)點(diǎn)，要畫透視圖，傅熹年畫透視圖是一絕?！八谋憩F(xiàn)能力特別強(qiáng)，圖畫得可帥了。他畫的那些民居寫生圖，有遠(yuǎn)有近，有大有小，配上的那些樹也很好。因?yàn)樗麑?duì)國畫的見識(shí)也比較多，很有才氣的?！?br/>
8月底，期巡回鑒定在北京啟動(dòng)。在故宮博物院麗景軒鑒定書畫，以“文革”中的抄家文物為主。接下來，先后鑒定了北京市文物局、北京文物總店、中國歷史博物館、首都博物館和故宮博物館所藏書畫。
由于鑒定組大多是高齡老人，鑒定只在春秋兩季進(jìn)行，每次三個(gè)月?！肚迕魃虾訄D》《千里江山圖》等名畫當(dāng)然也要過一下眼，過完就趕緊收了，這些都是早已公認(rèn)的國寶。
1985年、1986年上半年，鑒定組移師上海。在上海，發(fā)生了較大的意見分歧。
上海博物館所藏元代名畫中，有一卷題為趙孟頫所繪《百尺梧桐軒圖》。此圖絹本，青綠設(shè)色，畫的是園居閑適之景。圖中一人便服閑坐在梧桐軒中，旁有一童子捧茗，一使者抱琴，高大的梧桐樹環(huán)繞四周。全圖筆法秀雅，設(shè)色工麗。畫后有周伯琦、張紳、倪瓚等七人的題詩，都是元末名家。對(duì)此畫是否為趙孟頫所畫，傅熹年提出了不同看法。